Im Westen Ruandas findet sich noch bis in 2500m Höhe ein tropischer Bergwald. In höheren Lagen sind Bambuswälder sowie eine alpine Vegetation vorhanden.
Im inneren Hochland überwiegt dagegen die Feuchtsavanne, die im Osten in eine trockenere Savanne übergeht. Im Überschwemmungsgebiet des Akagera befinden sich vor allem viele feuchtigkeitsliebende Pflanzen.
Bedingt auch durch das hohe Bevölkerungswachstum ist mehr als 80% der Landesfläche in landwirtschaftlicher Nutzung, wobei der Großteil der erwirtschafteten Güter für die Eigenversorgung genutzt wird. Der Anteil des Waldes an der Landesfläche ist mittlerweile von 65% auf 8% geschrumpft, bedingt zum einen durch die wachsende Nachfrage an Brennholz für Koch- und Heizzwecke, zum Anderen aber auch aus dem Bedarf heraus Anbau- und Weideflächen zu schaffen.
Ruanda besitzt drei Naturreservate, in denen die ursprüngliche Flora des Landes bewahrt wurde:  Der Virunga-Vulkanpark, der Akagera-Nationalpark und der Nebelwald Nyungwe.

Hier leben die aus der Verfilmung des Lebens von Diane Fossey in aller Welt bekannten Berggorillas. Das ganze Gebiet steht unter strengem Schutz, wenn auch ein- bis zweitägige Touren zu den Gorillas möglich sind. Sie sind bereits an Touristen gewöhnt und ein Besuch bietet einen tiefen Einblick in die Sozialstruktur eines Rudels: Ein Familienverband (im Schnitt 11 Tiere) besteht aus dem Oberhaupt, dem Silberrücken mit einer Größe bis zu 2 Metern, 3 bis 4 Weibchen, die 1,4 Meter groß werden, und den Nachkommen. Dank der Schutzmaßnahmen konnte der Bestand trotz Befürchtungen um fast 50% auf 480 Tiere anwachsen (Stand: 2010), dennoch sind die Tiere weiterhin durch Wilderei bedroht.

Akagera-Nationalpark:

In der trockenen Savannenregion im Osten des Landes befindet sich der Akagera-Nationalpark (ebenfalls auf dem Titelbild zu sehen). Er ist durchzogen von weitläufigen Gras-, Strauch- und Buschsavannen und wird besonders von den dort ansässigen Akazienbäumen dominiert. Vor 1994 herrschte hier ein großer Artenreichtum vor, auch mit Großwild wie Elefanten, Nashörnern, Nilpferden und Giraffen, aber auch Antilopen, Zebras, Büffel, Impalas, Warzenschweine, Affen und Kronenkraniche, um nur die bekanntesten hervorzuheben, waren hier anzutreffen. Seit 1994 jedoch, bedingt durch die Flüchtlingsbewegungen und neuen Ansiedlungen auch innerhalb des Parks, ist der Tierbestand stark bedroht.

Der Berg-Nebelwald im Südwesten des Landes hat einen hohen ökologischen Wert für Ruanda auch dank der reichhaltigen Zahl an Pflanzenarten. Auch bietet der Park eine Heimatstätte für unterschiedliche Tierarten wie Amphibien, Reptilien, Schimpansen, Stachelschweine und diverse Vogelarten. Zudem findet sich in ihm ein großes natürliches Wasserreservoir.